虽然隐孢子虫卵囊对寒冷潮湿及常见的消毒药有较强的抵抗性，但干燥对卵囊是致死性的。在干燥2h之后97%的卵囊丧失感染性,4h之后100%的卵囊丧失感染性。应用2~3% Kenocox（一种商品化的消毒剂）、3%过氧化氢等消毒药能够使环境中隐孢子虫卵囊失去感染活性，牧场应用此类消毒药物应注意浓度、作用时间、环境温度及环境中有机物对消毒效果的影响。另外，奶桶奶盆等饲喂容器往往是所有犊牛共同使用的，因此其清洁和消毒尤为重要。除上述消毒药物外，65℃浸泡容器30~40min可以对多数细菌或虫卵起到灭活作用，但仍要注意浸泡消毒前的清洁。增加垫料的更换频率及时对污染区域进行清洁也是控制环境中隐孢子虫卵囊数量的有效途径。总之，生产实践过程中环境的控制应从切断隐孢子虫卵囊传播途径入手，综合考虑牧场实际情况制定适合自己牧场的防控策略。

虽然研究者一直在努力研发可以用于预防隐孢子虫的疫苗，但已有或已经研制的疫苗均没有保护效果。有研究对新生犊牛预防性连续使用常山酮7天，发现试验组可以降低隐孢子虫70%的感染率，将卵囊排出时间推迟1周，发病时间推迟3.1天^[8]。而关于阿奇霉素、巴龙霉素、硝唑尼特等药物在预防和治疗犊牛隐孢子虫病方面的报道尚少，确切的疗效还有待进一步的研究证实。

最后，好的初乳管理可以预防多数哺乳期犊牛疾病的发生。《中国后备奶牛培育现状白皮书2020》中指出当前集团化的规模牧场初乳合格率和被动免疫合格率分别为96.1%和98.2%。这体现出集团化的规模牧场在初乳管理方面投入了更多时间和精力。这些数据启示中小型牧场无论是在犊牛隐孢子虫感染的控制或是其他犊牛疾病控制方面均应投入更多的时间和学习成本，发现自身牧场存在的问题最大化的降低犊牛的治疗及人工成本及后期较差生产性能带来的经济损失。